Das Gremium der Schulkonferenz ist das oberste beschlussfassende Organ am Franziskusgymnasium. In den Beratungen und Entscheidungen sollen die Perspektiven der VertreterInnen aller am Schulleben Beteiligten einfließen. Der Schulkonferenz gehören neben dem Schulleiter und dem stellvertretenden Schulleiter ein weiteres Mitglied aus der erweiterten Schulleitung, sechs gewählte LehrerInnen, jeweils vier gewählte Eltern- und SchülervertreterInnen sowie ein Vertreter der darüber hinaus an der Schule beschäftigten Mitarbeiter an.
